Entre los siglos V y IX, muchas bibliotecas fueron destruidas por las guerras; gran parte de sus acervos fueron tornados como botín y trasladadados a otros países y ciudades, otra parte destruida durante las guerras religiosas. Al aparecer los primeros escritores cristianos, surgió una nueva índole de biblioteca, ya que en las primeras comunidades monásticas, se había descubierto que los libros eran un elemento esencial para la vida espiritual al preservar principalmente tratados de doctrina, exégesis, liturgia, etc. En estas bibliotecas se atesoraban tanto los escritos cristianos como los pertenecientes a la literatura clásica profana. Durante los siglos que siguieron a la invasión de los bárbaros, del siglo V al IX, hasta la invención de la imprenta en el siglo XV, la cultura universal permaneció al amparo de este tipo de bibliotecas llamadas Monásticas.
Su nombre se debió a que en su mayoría los monasterios tenían necesariamente una biblioteca, bajo la supervisión de un preceptor. Así surgieron los scriptoria, esos anónimos copistas que con suma paciencia transcribían los textos y los ilustraban —los iluminaban— con dibujos de vivos colores. Así en la Edad Media, con sus talleres de copistas, fue como se estudiaron y difundieron las grandes obras de la literatura clásica de la antigüedad; de esta manera se conservaron y atesoraron los escritos clásicos griegos y latinos, que surgieron con mayor esplendor y brillo durante el Renacimiento. Los invasores germanos, nórdicos y celtas, no lograron dominar el latín; pero como se interesaron tanto por los conocirnientos y la cultura latinas, los incorporaron a sus propias lenguas, lo que condujo más tardé a la generalización de la lengua vernácula en las actividades literarias, entre otras.
Las grandes bibliotecas monásticas florecieron en los monasterios de Reichenau, Fulda y Corvey, en Alemania; de Montecassino y Bobbio, en Italia; de Luxeuil, en Francia; de Saint Gall, en Suiza; Canterbury, Wearmouth y Jarrow, en Inglaterra, los cuales se hicieron famosos por los manuscritos que guardaban en sus bibliotecas. Muchos de ellos se prestaban a otros monasterios e incluso al público laico, previo pago de una fianza. Podría decirse que, a su manera, los monasterios cumplían con el papel de bibliotecas públicas; más allá de la fianza, pesaba una gran maldición sobre quien se quedara con los libros prestados. En algunos monasterios irlandeses, surgieron los especialistas miniaturistas de las letras capitulares, tan admirados actualmente.
En el siglo XII se fundaron las universidades de París (Francia), de Bolonia (Italia) y otras, verdaderos centros de cultura que rivalizaban con monasterios y abadías. Sin embargo, la escasez de libros, provocada por las guerras y saqueos que consigna la historia, y por la decadencia de la cultura de Occidente, hizo resurgir a los rnonasterios gracias a la intervención de los monjes copistas. En esta época los libros tenían que ser encadenados a los pupitres o estantes donde se guardaban, como aconteció en la Universidad de Oxford (Inglaterra) y en otras universidades famosas, debido a que era común el robo y era practicamente imposible volver a conseguir el libro robado, debido a que tenía que ser copiado nuevamente a mano.